После получения статуса города в 2009 году, Баткенское управление внутренних дел было выделено из районного управления на основании приказа МВД Кыргызской Республики №1052 от 12 декабря 2009 года. 1 февраля 2010 года новое подразделение начало свою работу с 25 сотрудниками.
Первым начальником городского ОВД стал подполковник милиции Бегали Улукбекович Ахмедов, который занимал эту должность с 1 февраля 2010 года до 2011 года.
Далее управление возглавляли:
– полковник милиции Нурали Эргешович Бердиев (2011–апрель 2015 года);
– подполковник милиции Алмазбек Тиллебаевич Шагамурзаев (2015–2020 годы);
– полковник милиции Нурланбек Орозматович Бурканов (февраль–май 2021 года);
– полковник милиции Жаныбек Токтошович Канзаманов (май 2021–февраль 2023 года);
– Алмазбек Нурпазылович Кубатбеков (февраль–ноябрь 2023 года);
– подполковник милиции Турдубай Камчыбекович Саматов (ноябрь 2023–март 2025 года).
С апреля 2025 года подполковник милиции Руслан Алимжанович Омошов стал новым руководителем Баткенского городского ОВД.
На протяжении всей своей истории Баткенское ГОВД не имело собственного здания. В начале сотрудники размещались в временном помещении областного управления образования, затем — в здании Социального фонда. В марте 2019 года для отдела было выделено отдельное здание, которое после ремонта открылось 22 мая 2019 года. На церемонии присутствовал заместитель министра внутренних дел Алмазбек Орозалиев. Однако это здание до сих пор не передано в управление Баткенского областного УВД.
