Данное преступление произошло 19 ноября 2009 года в самом храме. Злоумышленник, скрывающий лицо под маской, выстрелил в Сысоева и регента Владимира Стрельбицкого четыре раза. К сожалению, Сысоев скончался в карете скорой помощи от полученных ранений.
Подозреваемый был ликвидирован 1 декабря 2009 года на одном из постов ГИБДД в Махачкале (Дагестан). Во время проверки документов водитель автомобиля открыл огонь, и сотрудники полиции ответили на атаку, что привело к его гибели.
При осмотре тела был найден паспорт на имя Бексултана Карыбекова, гражданина Кыргызстана, рожденного в 1987 году, а также пневматический пистолет, модифицированный для стрельбы боевыми патронами калибра 9 мм. Следствие установило, что именно из этого оружия был убит священник.
В ответ на убийство, организация «Информационно-аналитический отдел штаба вооружённых сил вилайята Ингушетия имарата Кавказ» взяла на себя ответственность, заявив, что преступление было совершено одним из ее членов из-за «порчи образа ислама».
Дочь убитого высказала недовольство по поводу того, что следствие было проведено с нарушениями уголовно-процессуального законодательства. В ответ на это председатель Следственного комитета РФ Александр Бастрыкин поручил руководителю ГСУ СК России по Москве Беляеву представить отчет о ходе расследования уголовного дела, а также о принятых процессуальных решениях и доводах, упомянутых в публикациях. Исполнение этого поручения находится под контролем центрального аппарата ведомства.
