Министр может иметь четырех заместителей, однако должность заместителя по цифровому развитию остается вакантной. Ранее эту позицию занимала Нургуль Аднаева, назначенная в апреле 2025 года.
Исполняющим обязанности министра здравоохранения стал Каныбек Досмамбетов, который ранее возглавлял управление ГКНБ в Жалал-Абадской области.
Первым заместителем министра был назначен Айбек Маткеримов, который ранее служил депутатом Жогорку Кенеша VII созыва. Айбек — врач по профессии, и его опыт включает работу заведующим родильным блоком Ошского городского филиала территориальной больницы, а также акушером-гинекологом в Жалал-Абадском областном родильном доме и заведующим родильным отделением в Сузакской территориальной больнице.
Заместителем министра стал Бакытбек Кадыралиев, известный кардиохирург. Он работал в Институте сердца в Перми, а с 2012 года продолжает практиковать в качестве кардиохирурга и ассистента профессора С.Г. Суханова в Федеральном центре сердечно-сосудистой хирургии. Бакытбек также был руководителем студенческого научно-образовательного кружка в Пермской государственной медицинской академии имени Вагнера.
Еще одним новым заместителем стал Рыспек Сыдыгалиев. В период с 2008 по 2010 год он занимал пост главного врача Центра государственного санитарно-эпидемиологического надзора в Токмоке, а с 2012 по 2015 год был главным санитарным врачом Московского района. Рыспек также возглавлял Центр госсанэпиднадзора в Бишкеке и занимал пост директора Департамента госсанэпиднадзора.
