Министерство внутренних дел Кыргызстана проводит следственные действия в отношении Исманкулова и ряда высокопрофильных сотрудников Кыргызского национального университета имени Ж. Баласагына, а также представителей Министерства здравоохранения и Министерства образования. Он подозревается в коррупции по статье 336 Уголовного кодекса Кыргызской Республики и помещён под стражу.
Согласно данным МВД, расследование начато в связи с коррупционными схемами, касающимися незаконного получения и присвоения медицинского оборудования, которое было завезено в страну по линии иностранных технических кредитов.
С момента своего создания в 1997 году, когда для улучшения медицинского образования было основано ОсОО «Медицинский центр КГНУ «ИнтерГоспиталь», Исманкулов стал его директором.
В 1998 году с корейской компанией «Медисон Ко. ЛТД» был подписан контракт на поставку медицинского оборудования, в котором значился в качестве одного из подписантов проректор КГНУ А. Исманкулов.
С течением времени, в результате коррупционных действий, была реализована схема, согласно которой через фиктивное собрание учредителей «ИнтерГоспиталь» государственная доля университета была переведена в частные руки.
В 1999-2000 годах в страну было ввезено медицинское оборудование на сумму свыше 9 миллионов долларов. Однако, по утверждениям, Исманкулов и ряд других должностных лиц КНУ, Минздрава и Минобразования незаконно распределили это оборудование среди частных клиник, принадлежащих ему. В результате, кредит, использованный для закупки оборудования, до сих пор не погашен, и согласно судебному решению, обязательства по выплате лежат на государстве. При пересчете на 2025 год, сумма долга составляет 31 миллион долларов.
На данный момент продолжается расследование с целью выявления всех, кто причастен к данному делу.
