Судьба известных кораблей Колумба покрыта тайной до сих пор, поиски археологов и охотников за сокровищами так и не дали ответ на вопрос о том, куда пропали фрегаты. В судовом корабле «Санты-Марии» сказано, что судно село на риф у берегов Гаити в канун Рождества 1942 года. После этого корпус фрегата был разобран на элементы и использован для создания укрепленного поселения Ла-Навидад, однако следов самого поселения так и не было найдено. Никто также не знает и о судьбе кораблей «Нинья» и «Пинта» после их возвращения в Европу. Об этом писал в свое время археолог Кейт, занимавшийся также поисками корабля «Галлега» из четвертой экспедиции Колумба. Это судно также пропало бесследно в 1503 году.
Сегодня эксперты уверены, что поиски пропавших судов следует продолжить. По мнению историков из Национального управления США по исследованию океана и атмосферы, следы, принадлежащие первой экспедиции, могли бы подробно рассказать о первых контактах между европейцами и жителями Нового Света.
Корабли Колумба были воссозданы в Бразилии, сегодня они функционируют как плавучие музеи. Точная копия «Ниньи» была построена в 1988 году, ее сделали практически вручную. «Пинту» воссоздали в 2005 году. Она имеет несколько меньшие от оригинала габариты. Посетители на ее борту слушают лекции по истории.
Между тем копию письма Колумба об истории открытии Америки продали за рекордную сумму в 751 500 долларов.
