Родилась 24 ноября 1938 года в Москве в актёрской семье.
Мать — актриса Московского Театра имени А.С. Пушкина Мария Зотовна Фонина.
В детстве Наталья была очень шаловливым ребенком. Семья всегда жила при театре, поэтому девочка не мыслила жизни вне актёрской профессии. Сдавая экзамены в историко-архивный институт, одновременно решилась поступать и во ВГИК, в мастерскую Владимира Белокурова. Начала учиться на первом курсе, но попала под машину и серьёзно повредила зрение, врачи запретили ей продолжать учебу.
В 1961-1967 гг. — лаборанткой в институте металлургии СССР,
в 1967-1970 гг. — работала на кафедре геологии МГУ.
С 1974 года — актриса Ивановской областной филармонии,
в 1975-1977 гг. — актриса Москонцерта. Наталья постоянно бегала на «Мосфильм», сниматься сначала в массовках, затем в небольших ролях. В массовке ее заметил Григорий Александров и пригласил в фильм «Русский сувенир». На съёмках Любовь Орлова дала совет «не пытайтесь себя переделать». В 1962 году на фильме «Половодье» (эпизод) познакомилась с будущим мужем — звукооператором Владимиром Крачковским, который был на 15 лет старше её. После съёмок сыграли свадьбу. В 1963 году родился сын Василий. Одна из первых заметных ролей — Верунька в фильме Владимира Басова «Битва в пути».
Благодаря мужу произошло знакомство Натальи Леонидовны с Леонидом Гайдаем, который пригласил непрофессиональную актрису сыграть мадам Грицацуеву в «Двенадцати стульях». Эта роль стала началом славы Натальи Крачковской как яркой комедийной и острохарактерной актрисы. Крачковская продолжала сниматься во многих гайдаевских комедиях и в дальнейшем («Иван Васильевич меняет профессию», «Не может быть!», «Частный детектив или Операция «Кооперация» и др.)
80-е годы — самые счастливые в карьере — гастроли, съёмки. После неожиданной смерти мужа в июле 1988 года актриса впала в депрессию, стала затворницей на 2 года. Спас её Михаил Кокшенов, уговорил сняться в «Аферистах».
90-е годы, когда кинематограф переживал тяжелое время, стали для Н.Л. Крачковской периодом плодотворной актёрской работы.
Играет в антрепризных спектаклях.
Заслуженная артистка России (1998).
Сын Василий Крачковский — тоже, как и отец, звукооператор.
